O Instituto de Referência Negra Peregum tem como instância máxima político-decisória a Assembleia Geral, composta pelos membros do Conselho Fiscal e do Conselho Consultivo.

Além disso, conta com uma Diretoria Colegiada que integra a Diretoria Institucional, a Diretoria de Áreas e Estratégia e a Diretoria de Articulação Política, responsáveis por conduzir as ações político-programáticas relacionadas aos eixos de atuação. Há também instâncias administrativas que garantem o bom funcionamento do Instituto, como a Gerência de Desenvolvimento e Parcerias, a Assessoria de Incidência Internacional e a Assessoria de Advocacy.

Ademais, integram a estrutura institucional as coordenações Administrativo-Financeira, de Comunicação Institucional, de Clima e Cidades, de Justiça Racial e Segurança, de Educação e do Hub de Incidência em Brasília.

A governança do Instituto se materializa por meio de reuniões periódicas regimentais da Assembleia, comunicação regular com os conselheiros, reuniões quinzenais da Diretoria e encontros semanais com as equipes.